Η χρόνια ημικρανία είναι μια επιπλοκή της ημικρανίας και χαρακτηρίζεται από το γεγονός ότι ο/η ασθενής πάσχει από πονοκέφαλο για περισσότερο από 15 ημέρες κάθε μήνα για πολλούς μήνες. Ο πονοκέφαλος δεν έχει υποχρεωτικά τα κλασσικά χαρακτηριστικά της ημικρανίας όλες τις ημέρες. Συνήθως σε αυτή την δύσκολη κατάσταση η/ο ασθενής κάνει ταυτόχρονα και μεγάλη κατάχρηση αναλγητικών ή τριπτανών και υποφέρει και από κατάθλιψη.  Πολλές φορές η συνηθισμένη φαρμακευτική -προληπτική αντιμετώπιση δεν μπορεί να αντιμετωπίσει αυτήν την κατάσταση. Από το 2012 λοιπόν έχει εγκριθεί και χορηγείται και στην Ελλάδα μέσω του ασφαλιστικού φορέα η χορήγηση του γνωστού Botox για ιατρικούς λόγους σε αυτήν την περίπτωση. 

Η διαδικασία έχει ως εξής: ο νευρολόγος εγχύει με σύριγγες ινσουλίνης το Botox σε 35-39 σημεία σε όλο το κρανίο: μέτωπο, στο πλάι (κροταφίτης), χαμηλά στην βάση του κρανίου πίσω και ακόμη πιο χαμηλά στον αυχένα. Είναι μια τυποποιημένη διαδικασία για την οποία έχει εκπαιδευτεί ο νευρολόγος που την κάνει. Το ταμείο χορηγεί χωρίς κόστος για τον ασθενή δυο μπουκαλάκια Botox κάθε τρεις μήνες, αν την αίτηση την κάνει ειδικευμένος νευρολόγος και ο/η ασθενής πάσχει από χρόνια ημικρανία και έχει αποτύχει σε δυο τουλάχιστον προηγούμενες φαρμακευτικές θεραπείες. 

Το μεγάλο πλεονέκτημα από αυτήν τη θεραπεία είναι ότι το Botox δρα μόνο τοπικά στα σημεία που γίνεται η έγχυση και δεν επιβαρύνει τον οργανισμό. Παρενέργειες που μπορούν να εμφανιστούν είναι η αυχεναλγία στο 10% και η πτώση του φρυδιού στο 3% των ασθενών. Πάντως αν εμφανιστεί κάποια παρενέργεια αυτή θα εξαφανιστεί στο 100%.